1982년 11월 3일 강원도기념물 제50호로 지정되었다. 647년 신라 진덕여왕 1년에 자장율사(慈藏律師)가 창건하였고 여러 차례 화재를 당하여 중건을 거듭하였다.

<한계사강희이십이이계해(寒溪寺康熙二十二二癸亥)>의 명(銘)이 있는 암막새기와의 발견으로 1683년 이후 시기에 폐사된 것으로 추정된다. 산지가람(山地伽藍)의 일반적인 계단식 가람배치의 사찰로 통일신라시대를 비롯하여 고려시대·조선시대의 명문와(銘文瓦)가 많이 발견되고 있어 역사가 오래된 사찰임을 알 수 있다. 1984년 인제군은 설악산천연보호구역 안의 사적 보존을 위해 한계사지 석탑 복원과 사찰터의 유적정비 사업을 실시하였고 강원대학교 박물관에서 발굴조사를 실시하였다.

1984년 발굴되어 1만 5,157㎡ 면적에 확인된 금당(金堂)터 규모는 동서 9.5m, 남북 6.8m, 정면 3칸, 측면 3칸의 건물이며 동서쪽 부지에 부속건물터가 있었다. 유물 유적은 대부분 석조물이며 높은 축석(築石) 위에 절터를 마련하고 사찰을 세웠던 건물터와 3층석탑 2기, 불대좌(佛臺座), 광배(光背), 연화석 등의 석재가 남아 있다. 석탑은 통일신라시대에 조성된 화강암 3층석탑으로 1기는 법당터에 무너진 채로 있던 것을 사찰터에 복원하였고 다른 1기는 사찰터 북쪽 언덕 위에 무너져 있던 것을 복원하였다.