신라 때인 420년(눌지왕 4)에 아도(阿道)가 창건하여 보현사(普賢寺)라 했다고 하지만
지리적으로 보아 아도가 과연 이 절의 창건자인지는 정확하지 않다.
임진왜란 때 모두 불탄 뒤 1644년(인조 22)에 벽천(碧川)이 중창하고 능가사로 이름을 바꾸었다 한다.